Un sistema Debian è organizzato secondo il Filesystem Hierarchy Standard (FHS). Questo standard definisce lo scopo di ogni directory. Per esempio, le directory di primo livello sono descritte come segue:
/bin/: programmi base;
/boot/: kerne Linux ed altri file necessari per il suo processo d'avvio;
/dev/: file del dispositivo;
/etc/: files di configurazione;
/home/: file personali dell'utente;
/lib/: libraries di base;
/media/*: punti di mount per i dispositivi rimovibili (CD-ROM, chiavette USB ecc.);
/mnt/: punto di mount temporaneo;
/opt/: applicazioni extra fornite da terze parti;
/root/: file personali dell'ammininistratore (dell'utente root);
/run/: dati volatili non persistènti tra i riavvii;
/sbin/: programmi di sistema;
/srv/: dati usati dal server opsitato sul sistema;
/tmp/: file temporanei; questa directory è spesso svuotata all'avvio;
/usr/: applicazioni; questa directory è ulteriormente suddivisa in bin, sbin, lib (seguendo la logica della directory principale). Inoltre, /usr/share/ contiene i dati indipendenti dall'architettura. /usr/local/ è pensato per essere utilizzato dall'amministratore per installare manualmente le applicazioni senza sovrascrivere i file gestiti dal sistema di impacchettamento (dpkg).
/var/: dati variabili gestiti dai demoni. Questi includono file di log, code, spool, cache ecc.
Da nota che molte distribuzioni moderne, inclusa Debian, stanno offrendo /bin, /sbin e /lib come collegamenti simbolici alle directory corrispondenti sotto /usr in modo che tutti i programmi e le librerie siano disponibili in un unico albero. Semplifica la protezione dell'integrità dei file di sistema e la condivisione di tali file tra più contenitori, ecc.
B.2.2. Directory Home dell'Utente
I contenuti della directory home dell'utente non sono standardizzati, ma ci sono ancora alcune convenzioni degne di nota. Una è che spesso la directory home dell'utente viene spesso definita da una tilde (“~”). Questo è utile da sapere poichè gli interpreti di comando sostituiscono automaticamente una tilde con la directory corretta (di solito /home/utente/).
Tradizionalmente, i file di configurazione dell'applicazione vengono spesso memorizzati direttamente nella directory home dell'utente, ma i loro nomi di solito iniziano con un punto (per esempio, il client email mutt salva la sua configurazione in ~/.muttrc). Si noti che i nomi dei file che iniziano con un punto sono nascosti per impostazione predefinita; ed il comando ls li elenca solo quando viene utilizzata l'opzione -a, ed i file manager grafici hanno bisogno di visualizzare i file nascosti.
Some programs also use multiple configuration files organized in one directory (for instance, ~/.ssh/). Some applications also use their directory to store a cache of downloaded data. This means that those directories can end up using a lot of disk space.
These configuration files stored directly in a user's home directory, often collectively referred to as dotfiles, have long proliferated to the point that these directories can be quite cluttered with them. Fortunately, an effort led collectively under the FreeDesktop.org umbrella has resulted in the “XDG Base Directory Specification”, a convention that aims at cleaning up these files and directories. This specification states that configuration files should be stored under ~/.config/, cache files under ~/.cache/, and application data files under ~/.local/ (or subdirectories thereof). This convention is slowly gaining traction, and several applications (especially graphical ones) have started following it.
I desktop grafici di solito visualizzano i contenuti della directory ~/Desktop/ (o qualunque sia la traduzione appropriata per sistemi non configurati in inglese) sulla scrivania (vale a dire, ciò che è visibile sullo schermo una volta che tutte le applicazioni sono state chiuse o ridotte a icona).
Infine,a volte il sistema di posta elettronica memorizza la posta in arrivo nella dierctory ~/Mail/.
